清城區地形以平原和低山丘陵為主。北部地區有海拔較高的飛霞山、筆架山、大帽山等山地,其位于清遠附城江埗管理區內,距白廟漁村旅游區4公里,離飛來峽風景名勝區6公里的大帽山海拔778.9米,為清城區境內最高峰。東部地區主要是海拔較低的丘陵,坡度較少,是清城區林木、水果、藥材等經濟作物的生產地。清城區南部是北江沖積平原,是精耕細作、土地肥沃、高產穩產的水稻土,面積28萬多畝,主要種植雙季水稻,這里不僅是清城區主要的糧產區,也是廣東省重點產糧區之一,每年糧食產量達14.6萬噸以上。近年來由于清城區人口增長速度快,城市面積不斷擴大,現在城市附近地區種植水稻面積下降較快,而種植高收入的蔬菜、花卉等農作物增加明顯,這是城市化過程中市場需求變化的必然結果。